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BASH SCRIPT PARA NGS

CONTENIDO

BASH PIPELINES
BASH SCRIPTS
SYNTAXIS
ARCHIVOS PARA DATOS NGS

Pipelines y Scripts para Bioinformática

BASH PIPELINES

Conteo de secuencias en FastQ

fgrep -i "@S" file.fq | wc -l

cat file.fq | echo $((`wc -l`/4))

Nombre de los genes anotados

grep $'\tgene\t' sequence.gff3 | perl -ne '/ID=([^;]+)/ and printf("%s\n", $1)'

grep $'\tgene\t' sequence.gff3 | awk '{print $9}' | cut -d';' -f1 | sed "s/ID=//g"

Mesclando scripts:

grep $'\tgene\t' sequence.gff3 | awk '{print $5-$4";"$9}'| sed 's/Name=//g' | awk -F';' '{print $3"\t"$1}' | sort -k2n  > Tamaño_genes.txt

awk '{print $3}' sequence.gff3 | sort -d | uniq -c

BASH SCRIPTS

she bang

#!interpreter [optional-arg]

#!/bin/sh
#!/bin/bash
#!/usr/bin/python3
#!/usr/bin/awk -f

#!/bin/bash

##CONSTANTES

VAR1="UUU"
VAR2="UUC"

##EJECUCION

for i in {A,U,G,C}{A,U,G,C}{A,U,G,C}
do
  if [ "$i" = "$VAR1" ] || [ "$i" = "$VAR2" ]; then
    echo "$i Phe"
  fi
done

Permisos

# cambia permisos a archivos y carpetas

# d rwx rwx rwx / (propietario) (grupos) (demas)
# r 4
# w 2		
# x 1 

chmod 775 ACGT.bash

chmod +rwx ACGT.bash

# R recursivo 

chmod -R 755 

Correr un script

<lenguaje> script.ext

### Sin permisos

bash ACGT.bash

### Con permisos

./ACGT.bash 

### Segundo plano

./ACGT.bash&

Correr en segundo plano o screen

# Añadir el caracter &
bash scrip.bash&

### Activando un screen

screen -S name

./ACGT.bash

## salir del screen CTRL A + D

## ingresar al screen nuevamente

scren -ls 

screen -r name

Detener procesos

# muestrar los procesos actuales

ps 
pstree
top -u user

#detener procesos por comando
kill PID

top -u user 
# presiona "k" y indica el PID 

htop 
# buscar el proceso y presionar "k" 

SYNTAXIS

#!/bin/bash

###COMENTARIOS

###VARIABLES (numericos (enteros o flotantes), strings (""), booleanos (T / F)

VAR1=""
VAR2=""
VAR3=""

###EXECUTION ( se puede ejecutar comandos que se usan en la terminal )

echo "started at ´date´" ## ´date´ (permite ejecutar comandos dentro de un print

mkdir -p ${VAR} ## puede intercambiar variables para usarlos dentro de los comandos.


### sintaxis de comparacion

== is equal to ; if [ "$a" == "$b" ]

!= is not equal to ; if [ "$a" != "$b" ]

< is less than; if [[ "$a" < "$b" ]] 

< is greater than if [[ "$a" > "$b" ]]

AND (&&) y OR(||)

-eq is equal to if [ "$a" -eq "$b" ]

-ne is no equal to if [ "$a" -ne "$b" ]

-gt is greater then if [ "$a" -gt "$b" ]

-ge is greater then or egual to if [ "$a" -ge "$b" ]

-lt is less than if [ "$a" -lt "$b" ]

-le is less than or equal to if [ "$a" -le "$b" ]

### estructura basica de una condicional if 

if [ "$i" != "UGA" ]; then
        echo "$i phe"
fi

### estructura basica de un while

while [ number -gt 4 ]; do
       echo "loop1"
       echo "loop2"
       echo "loop3"
done

### estrucutura basica de un for

for i in a b c
do
        comand <options> target
done