Instalaciones y archivos del curso
Antes de empezar con el curso instale los siguientes programas y paquetes, elija el SO operativo adecuado.
Tabla de contenidos
- Instalacion de R y Rstudio para Windows.
- Instalacion de R y Rstudio para Linux.
- Instalaciones de paquetes para el análisis de RNASeq
- Instalacion de programas de linux para el curso
- Descarga de archivos para el curso
Instalacion de R y Rstudio para Windows.
Instalacion de R y Rstudio para Linux.
Instalar R in Linux
Procure instalar la version 4 de R (cran-40), si tiene inconvenientes instalando esta version de R añada el repositorio de cran-40 con los siguientes pasos:
## GPG key ubuntu
sudo apt-key adv --keyserver keyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
#Output
#Executing: /tmp/apt-key-gpghome.cul0ddtmN1/gpg.1.sh --keyserver #!/usr/bin/env bashkeyserver.ubuntu.com --recv-keys E298A3A825C0D65DFD57CBB651716619E084DAB9
#gpg: key 51716619E084DAB9: public key "Michael Rutter <marutter@gmail.com>" imported
#gpg: Total number processed: 1
#gpg: imported: 1
## agrere el repositorio segun la version de ubuntu que tenga en este ejemplo es para ubuntu 20
sudo add-apt-repository 'deb https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/'
#Output
#...
#Get:7 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ InRelease [3622 B]
#Get:8 https://cloud.r-project.org/bin/linux/ubuntu focal-cran40/ Packages [15.6 kB]
#...
## finalmente actulizar los repositorios e instalar R
sudo apt update
sudo apt install r-base
Si tiene la version de ubuntu 18, 20 o 22 elija entre los siguientes instaladores:
Instalar Rstudio en Linux
Instalaciones de paquetes para el análisis de RNASeq
Para instalar los paquetes de R usaremos el gestor de paquetes de Bioconductor.
## Instalar gestor de paquetes de Bioconductor
install.packages("BiocManager")
## Activar BiocManager
library(BiocManager)
## Instalar los siguientes paquetes:
BiocManager::install("Rsubread")
BiocManager::install("dplyr")
BiocManager::install("org.Sc.sgd.db")
BiocManager::install("pheatmap")
BiocManager::install("GO.db")
BiocManager::install("DESeq2")
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("KEGGgraph")
BiocManager::install("ape")
BiocManager::install("pathview")
BiocManager::install("clusterProfiler")
BiocManager::install("biomaRt")
BiocManager::install("genefilter")
Instalacion de programas de linux para el curso
Para el analsis de datos en Linux se instalaran los siguiente programas:
sudo apt-get install ncbi-entrez-direct bowtie2 sortmerna subread samtools rna-star trim-galore fastqc seqtk
ncbi-entrez-direct : Descarga de secuencias desde el NCBI
bowtie2 : Alineador de datos NGS fastq
sortmerna : Alineador de ARN ribosomales
subread : Conteo de secuencias alineadas
samtools : Manejo de secuencias alineadas SAM/BAM
rna-star : Alineador de secuencias para RNA-Seq
trim-galore: Filtrado de secuencias fastq de baja calidad
fastqc : Calculo de calidad de secuencias fastq
setqk : Manejo de secuencias fastq y fasta s
Descarga de archivos para el curso
Para la creacion del directorio de trabajo y descarga de los archivos debe ejecutar el siguiente comando en la terminal Linux:
wget -O - https://raw.githubusercontent.com/FranciscoAscue/Transcriptomica_RNAseq/master/downloadSeq.bash | bash
curl -s https://raw.githubusercontent.com/FranciscoAscue/Transcriptomica_RNAseq/master/downloadSeq.bash | bash
Este script debe crear el siguiente arbol de directorios para la organizacion de los archivos:
saccharomyces_rnaSeq
├── data
│ ├── ERR2929683_sample0.1.fastq.gz
│ ├── ERR2929684_sample0.1.fastq.gz
│ ├── ERR2929685_sample0.1.fastq.gz
│ ├── ERR2929686_sample0.1.fastq.gz
│ ├── ERR2929687_sample0.1.fastq.gz
│ ├── ERR2929688_sample0.1.fastq.gz
│ ├── GCF_000146045.2_R64_genomic.fna.gz
│ └── GCF_000146045.2_R64_genomic.gtf.gz
├── results
│ ├── counts
│ │ ├── final_counts.txt
│ │ └── final_counts.txt.summary
│ ├── filter
│ └── map
└── scripts