Curso de transcriptomica con Linux y R
Cronograma de actividades
Sabado 27/05/23
| Horario | Actividad | Programas a utilizar |
|---|---|---|
| 10:00 am - 10:30 am | Introduccion a R | R |
| 10:30 am - 11:30 am | Pipelines y Scripts en R | R |
| 11:30 am - 12:30 pm | Introducción a Transcriptomica | - |
| 12:30 pm - 13.00 pm | Revisión de programas y soporte de instalación | - |
Domingo 28/05/23
| Horario | Actividad | Programas a utilizar |
|---|---|---|
| 10:00 am - 11:00 am | Análisis de secuencias: Calidad y filtrado de rRNA | fastqc, multiqc |
| 11:00 am - 12:00 am | Análisis de secuencias: Ensamblaje y recuento. | STAR, samtools, featureCounts |
| 12:00 am - 13:00 pm | Normalización y expresión diferencial. | DEseq2, Rsubread, org.Sc.sgd.db |
Viernes 3/06/23
| Horario | Actividad | Programas a utilizar |
|---|---|---|
| 10:00 am - 11:30 am | Estadísticas de Genes significativos. | ggplot2,dplyr,pheatmap |
| 11:30 am - 13:00 pm | Enrriquecimiendo de vias metabolicas. | KEGG.db, GO.db, pathview |