Instalación de Paquetes
En esta sección encontraras los requisitos previos del Curso de Genómica antes de empezar. Este tutorial contempla principalmente el SO: Windows y Linux: Ubuntu 24
Instalación de R y Rstudio para Windows
Si cuenta con WSL (Windows subsystem Linux) instale tanto R como Rstudio en Windows!.
Instalación de R y Rstudio para Mac
Para la instalar R y R studio en Mac debemos considerar que tipo de GPU tienen su Mac, si tiene M1/M2 o esta basado en Intel.
Instalación de R y Rstudio para Linux
Si quiere instalar sin incovenientes verifique las versión de Linux que cuenta. Si desea ver mas opciones de instalación puede ir a la página de descargas de Rstudio Desktop
Instalaciones de paquetes de R
Para instalar los paquetes de R usaremos el gestor de paquetes de Bioconductor.
## Instalar gestor de paquetes de Bioconductor
install.packages("BiocManager")
## Activar BiocManager
library(BiocManager)Los paquetes pueden variar dependiendo del desarrollo de las clases
## Instalar los siguientes paquetes:
BiocManager::install("dplyr")
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("Rbowtie2")
BiocManager::install("Rsamtools")
BiocManager::install("ape")
BiocManager::install("rjson")
BiocManager::install("foreach")
BiocManager::install("doParallel")
BiocManager::install("tidyr")
BiocManager::install("fastqcr")
BiocManager::install("Biostrings")En caso tenga el SO Linux y tenga problemas con la instalación comunicarse con los asesores del curso para que puedan ayudarle en la instalación.
Instalaciones de programas de Linux
Si cuenta con Windows 10 / 11 puede instalar WSL (Windows Subsystem Linux) puede ir al siguiente video tutorial Instalacion WSL
Para el análasis de datos en Linux se instalaran los siguiente programas:
sudo apt-get install jellyfish bwa samtools ivar prokkajellyfish : Conteo de k-mers
bwa : Alineador de datos NGS fastq
samtools : Manejo de secuencias alineadas SAM/BAM
ivar : Alineador de datos NGS fastq
prokka : Annotador de genomas bacterianos
Instalación a travez de conda
Si tiene problemas instalando los programas de linux recomendamos instalar los paquetes necesarios a travez de conda (Anaconda), para ello pueden ir a la pagina de Anaconda o puedes ejecutar el script de instalación de la siguiente manera :
wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda<version>.sh
sudo bash Anaconda<version>.shUna vez que haya instalado Anaconda con exito instalar los paquetes del curso de la siguiente manera
### Activar conda si no se activo inicialmente
### conda activate
wget https://raw.githubusercontent.com/FranciscoAscue/Rgenomics/master/ngs_conda.yml
conda env create -f ngs_conda.yml