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Instalaciones del curso
Descargar repositorio
Si desea descargar este repositorio instale previamente git (si no lo tiene instalado), clone el repositorio en la direción $HOME con el siguiente comando, los manuales del curso estan incluidos en formato markdown
git clone https://github.com/FranciscoAscue/Curso_transcriptomica.git
Instalar programas
Para la instalación de programas ejecutar los scripts según sea el caso:
Ubuntu 20.04 LTS
En caso de contar con WSL (Windonws Subsystem Linux), descargar Ubuntu 20.04 LTS
bash preinstall.sh
Ubuntu 18.04 LTS
bash preinstallUbuntu18.sh
Virtual Box (Ubuntu)
Si cuenta con una maquina virtual con sistema operativo Linux (Sea Ubuntu 18.04 o 20.04 LTS) puede aplicar los comandos segun su versión. Aunque es recomendable que instale Windonws Subsystem Linux, ya que consume menos memoria RAM.
El script proporcionado en el curso instala por defecto los siguientes paquetes y su respectivos prerrequitos.
fastqc cutadapt samtools subread sortmerna rna-star ncbi-entrez-direct trim-galore trimmomatic Jupyter
Si cuenta con alguno de estos programas, es recomendable que instale personalmente los programas restantes
Softwares y paquetes adicionales
Paquetes de R
install.packages("BiocManager")
library(BiocManager)
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("DEseq2")
BiocManager::install("EnhancedVolcano")
BiocManager::install("vsn")
BiocManager::install("dplyr")
BiocManager::install("pheatmap")
BiocManager::install("PoiClaClu")
BiocManager::install("genefilter")
BiocManager::install("limma")