Instalación de Paquetes

En esta sección encontraras los requisitos previos del Curso de Genómica antes de empezar. Este tutorial contempla principalmente el SO: Windows y Linux: Ubuntu 22

Instalación de R y Rstudio para Windows

Para trabajar en el editor de código (IDE) Rstudio primero debemos instalar R, en la versión mas reciente los podemos encontra en el siguiente link: Descargar R , que descargara un instalador.
Si tiene instalado R en su maquina debe ser mayor o igual que la versión v4.0. Una vez instalado R podemos instalar Rstudio en el siguiente Link: Descargar Rstudio

Tambien puede visitar las páginas de descarga para revisar otras versiones en los siguientes links:
R project Rstudio Desktop

Nota

Si cuenta con WSL (Windows subsystem Linux) instale tanto R como Rstudio en Windows!.

Instalación de R y Rstudio para Mac

Para instalar R y Rstudio para Mac pueden consultar el siguiente tutorial

Advertencia

Para la instalar R y R studio en Mac debemos considerar que tipo de GPU tienen su Mac, si tiene M1/M2 o esta basado en Intel.

Instalación de R y Rstudio para Linux

Procure instalar la versión 4 de R (cran-40), si tiene inconvenientes instalando esta versión de R añada el repositorio de cran-40.

## actualizar los repositorios e instalar R
sudo apt update
sudo apt install r-base

Si tiene la versión de Ubuntu 20 , 22 o Debian elija entre los siguientes instaladores .deb:

Descargar Rstudio Ubuntu 20 / Debian 11

Descargar Rstudio Ubuntu 22

Para instalar los IDE debe ubicarse en la carpeta donde se descargo el .deb

### instalar gdebi para instalar rstudio.deb 
sudo apt install gdebi

### Instalar rstudio
sudo gdebi rstudio-2023.09.0-463-amd64.deb

Nota

Si quiere instalar sin incovenientes verifique las versión de Linux que cuenta. Si desea ver mas opciones de instalación puede ir a la página de descargas de Rstudio Desktop

Instalaciones de paquetes de R

Para instalar los paquetes de R usaremos el gestor de paquetes de Bioconductor.

## Instalar gestor de paquetes de Bioconductor
install.packages("BiocManager")

## Activar BiocManager
library(BiocManager)

Los paquetes pueden variar dependiendo del desarrollo de las clases

## Instalar los siguientes paquetes:

BiocManager::install("dplyr")
BiocManager::install("ggplot2")
BiocManager::install("Rbowtie2")
BiocManager::install("Rsamtools")
BiocManager::install("ape")
BiocManager::install("rjson")
BiocManager::install("foreach")
BiocManager::install("doParallel")
BiocManager::install("tidyr")
BiocManager::install("fastqcr")
BiocManager::install("Biostrings")

En caso tenga el SO Linux y tenga problemas con la instalación comunicarse con los asesores del curso para que puedan ayudarle en la instalación.

Instalaciones de programas de Linux

Instalar Linux dentro de Windows

Si cuenta con Windows 10 / 11 puede instalar WSL (Windows Subsystem Linux) puede ir al siguiente video tutorial Instalacion WSL

Para el análasis de datos en Linux se instalaran los siguiente programas:

sudo apt-get install jellyfish bwa samtools ivar prokka

jellyfish : Conteo de k-mers
bwa : Alineador de datos NGS fastq
samtools : Manejo de secuencias alineadas SAM/BAM
ivar : Alineador de datos NGS fastq
prokka : Annotador de genomas bacterianos

Instalación a travez de conda

Si tiene problemas instalando los programas de linux recomendamos instalar los paquetes necesarios a travez de conda (Anaconda), para ello pueden ir a la pagina de Anaconda o puedes ejecutar el script de instalación de la siguiente manera :

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-Linux-x86_64.sh
sudo bash Anaconda3-2023.03-Linux-x86_64.sh

Una vez que haya instalado Anaconda con exito instalar los paquetes del curso de la siguiente manera

### Activar conda si no se activo inicialmente
### conda activate

wget  https://raw.githubusercontent.com/FranciscoAscue/Rgenomics/master/ngs_conda.yml
conda env create -f ngs_conda.yml

Instalación a travez de conda para Mac

Descargar el instalador de Anacondo para Mac:

wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2023.09-0-MacOSX-x86_64.sh
bash Anaconda3-2023.09-0-MacOSX-x86_64.sh

Advertencia

Para ver mas detalles revisar el siguiente tutorial para optar para instalacion visul y CLI. Adjunto tambien un tutorial en Youtube

Una vez instalado Anaconda instalar el ambiente con los siguiente comandos:

### Activar conda si no se activo inicialmente
### conda activate

wget  https://raw.githubusercontent.com/FranciscoAscue/Rgenomics/master/ngs_conda.yml
conda env create -f ngs_conda.yml

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